1908年，建于浦镇南门礼义巷38号，原名津浦铁路总局浦镇医院，是南京最早的厂矿医疗机构。建院时有病床24张，工作人员18名，其中医技人员10名。

1931年，成立浦镇机厂分诊所。

1938年，改名为华中铁道浦镇诊疗所。

1945年，复名津浦铁路总局浦镇医院。

1946年，改名津浦区铁道管理局浦兖段管理所徐州总医院浦镇分院。

1947年，恢复为工厂诊疗所，定名浦镇分院驻厂诊疗所。

1949年，改名为“济南铁路管理局蚌埠分局浦镇医院”。

1950年，易名济南铁路管理局卫生处浦镇医院。

1953年，划入上海铁道管理局，更名为上海铁路管理局卫生处浦镇医院。

1960年，复归厂属职工医院，定名为铁道部浦镇机车车辆工厂医院。

1965年，随工厂更名为铁道部浦镇车辆工厂医院。

1993年，又随工厂易名为南京浦镇车辆厂医院。

1996年6月，通过南京市卫生局组织的二级乙等综合医院评审。

2006年12月，南苑社区卫生服务中心正式挂牌。

2014 年 11 月，纳入地方医疗卫生资源整合及属地管理，更名为“南京市浦口区浦厂医院”。分“南苑区”（浦珠中路204号）和“礼义院区”（礼义巷38号）。

南京市第七区卫生所（1949年4月至1955年7月）

1949年6月,在原南京市第十五保健所基础上成立南京市第七区卫生所。

1955年 8月，更名为“浦口区卫生所”（浦口区卫生所：1955年8月至1958年7月）。

浦口区人民医院（1958年8月至1985年3月）

1958年8月，更名为“浦口区人民医院”。本年，医院开设简易病床30张。

1960年，医院由兴浦路56号迁入浦园路18号新址。

南京市浦口医院（1985年4月至2018年12月）

1985年4月22日,更名为“南京市浦口医院”。

1994年12月22～23日，通过南京市卫生局组织的二级乙等综合医院评审。

1996年11月9日，新住院楼（现综合楼）全面启用。

1997年6月6日，挂牌“南京市江北手外科医院”。

2004年12月28日，挂牌“南京市第三惠民医院”，为南京江北地区唯一的一家惠民医院。

2009年7月10日，挂牌“南京市妇幼保健院江北分院”。

2009年7月17日，挂牌“南京市儿童医院江北分院”。

2011年4月28日，新住院楼启用，设病人床位315张。

2014年4月22日，挂牌“南京医科大学康达学院教学医院”。

2014年9月21日，浦口区政府与南京医科大学签订合作共建南京医科大学第四附属医院。

2015年5月7日，经江苏省卫计委批复予以确认为二级甲等综合医院。

2016年7月7日，成立以浦口医院为中间纽带的“1＋1＋4”的医联体合作模式。对上联系南医大二附院，对下服务泰山街道、顶山街道、盘城街道、沿江街道4家基层社区卫生服务中心。

2016年9月23日，南医大四附院建设工程正式进入施工阶段。

2017年3月10日，成立南京医科大学第四附属医院第一届理事会。

2018年3月5日，江北新区与南京医科大学正式签订共建南京医科大学第四附属医院（南京市浦口医院）合作协议。

2018年4月17日，正式与南京市浦口区浦厂医院整体合并，实现一院三区一体化管理。

2018年12月，成功创建江苏省健康促进医院、南京市健康促进医院、南京市平安医院。

南京医科大学第四附属医院（2019年11月19日至今）

2019年11月19日，经南京市卫健委批准，医院执业许可证正式更名为“南京医科大学第四附属医院”。

2021年3月18日，京新院区正式启用。

2021年4月29日，南医大四附院获表彰——“十三五”期间促进卫生健康事业发展有功单位。

2021年12月27日，经江苏省卫计委批复予以确认转设三级医院。

2021年9月22日，成功备案国家药物临床试验机构。

2022年，建立规范的发热门诊、江北新区隔离管控人员医疗服务定点医院（黄码医院）、江北新区核酸检测基地，托管南京市首家方舱医院。

2023年，入选公立医院高质量发展省级试点（建设）单位。